转基因作物环境安全性评价的内容主要包括以下6个方面：
生存竞争能力：在自然环境下，与非转基因对照作物相比，转基因作物的生存适合度与杂草化风险评估。
基因漂移的环境影响：转基因作物的外源基因向其他植物、动物和微生物发生转移的可能性、漂移风险及可能造成的生态后果。
转基因植物的功能效率评价：自然条件下对转基因植物的抗病虫草害、抗旱耐盐等目标性状的作用效果进行评价。如有害生物抗性转基因植物，则需要评估对靶标生物（目的基因防治的病虫草等对象）的抗性效率。
转基因作物对非靶标生物的影响：根据转基因植物与外源基因表达蛋白特点和作用机制，对相关非靶标有害生物（植食性生物）、天敌昆虫、资源昆虫和传粉昆虫等有益生物，以及珍稀、濒危等受保护物种的潜在影响进行评价。
对植物生态系统群落结构和有害生物地位演化的影响：根据转基因植物与外源基因表达蛋白的特异性和作用机理，评价对相关动物群落、植物群落和微生物群落结构和多样性的影响，以及转基因植物生态系统中病虫害等有害生物地位演化（如主要害虫和次要害虫相对地位的变化）的风险。
靶标生物的抗性风险：评估病虫草等靶标有害生物对转基因抗病、抗虫、耐除草剂等作物新材料、新品种产生抗性，从而影响转基因作物功能效果和品种应用寿命的风险。
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